Primeiro Governador Geral:
Tomé de Sousa

   Em 1548, D. João 3º comprou de Manuel Pereira Coutinho, filho do malogrado donatário, a capitania da Bahia, e ali estabeleceu a sede do Governo Geral, ficando esta sob imediata delegação da coroa, à qual estavam sujeitos os capitães e todos os serventuários nomeados, para uma boa administração da colônia. Tomé de Sousa, antigo capitão, que já havia se distinguido na Ásia, foi investido do cargo de primeiro Governador Geral. Em princípios de 1549, Tomé de Sousa partiu de Lisboa, trazendo em sua companhia os diversos funcionários que o deviam auxiliar no governo e na administração, seis padres Jesuítas, cerca de 600 soldados e muitas famílias que vinham estabelecer-se no país, além de grande número de condenados que deviam aqui cumprir sentença.

     O Governador chegou à Bahia por fins de março, sendo recebido, com muitas provas de respeito e lealdade, por Diogo Álvares, o Caramuru, a quem o rei já o havia recomendado, muito especialmente, por carta do próprio punho. Encontrou ainda ali algumas famílias que tinham vindo em 1537 com Francisco Pereira Coutinho. Devido à influência desses colonos e, principalmente, de Caramuru, Tomé de Sousa foi muito ajudado pelos índios em todos os trabalhos de fundação de uma cidade que servisse de centro e capital de todo o domínio português. Formou-se a nova povoação nas vizinhanças da antiga Vila Velha, no recôncavo da Bahia à qual Tomé de Sousa deu o nome de Cidade de Salvador.

    Do litoral, foram os colonos estendendo suas vistas para o interior do país. À medida que se afastavam das autoridades e do círculo de influência de Caramuru, iam os imigrantes pondo-se em conflito com os selvagens. Viu-se logo o Governador Geral obrigado a impor castigos à animosidade de alguns chefes, fazendo-os matar à boca de canhões. Ao mesmo tempo que a autoridade civil se mostrava severa com os indígenas, os Jesuítas, no seu entusiasmo da nascente instituição, competiam em zelos pela obra a que se vinham dedicar nas florestas do novo mundo. Com a audácia e a confiança que só a fé pode dar às almas, embrenhavam-se os padres nos inóspitos sertões, convertendo os gentios e, muitas vezes, amparando-os contra os excessos e violências dos forasteiros.

    Tomé de Sousa foi incansável no trabalho de encaminhar o povoamento de muitos pontos da vasta colônia, mandando vir gente, tanto da metrópole como de outras possessões da monarquia. Importou, também, não só muitas espécies de animais domésticos, mas ainda uma infinidade de plantas de cultura. Os Jesuítas viram logo que tinham aberto na América um campo vastíssimo ao seu apostolado e reclamaram o concurso de novos irmãos. Algum tempo depois, em 1550, chegaram à Bahia mais quatro padres, entre os quais Manuel de Paiva. Tão animados se viram esses espíritos tenazes  na sua gloriosa propaganda, que conseguiram em breve emancipar a Igreja do Brasil, até então sujeita à de Funchal [capital da ilha da Madeira], erigindo-a em bispado independente (1551). Por meados desse mesmo ano, chegava à Bahia o seu primeiro bispo, D. Pero Fernandes Sardinha.

    Tendo regulado todos os serviços da administração, Tomé de Souza teve o cuidado de, antes de retirar-se, visitar vários pontos da colônia. Partindo para o Sul, chegou à magnífica baía da Guanabara, onde ficou encantado com a beleza dos panoramas e da índole dos nativos. Esteve em Angra dos Reis e em diversos outros sítios da costa. Chegou, por último, a São Vicente, onde tomou providências acerca da defesa do porto e de outros reclamos dos colonos. Esta viagem do Governador teve grande importância para os destinos da colônia em geral, pois habilitou-se ele, com os próprios olhos, a repetir para Lisboa os conselhos e as solicitações que já haviam sido feitas por Martim Afonso e por outros. Tomé de Sousa, homem prudente e benigno, prestou grandes serviços na administração da colônia.

Os primeiros colonos

   É muito de notar-se, da parte do governo português, e desde os primeiros tempos da colônia, a falta de um sistema, de uma idéia ao menos, em matéria de regime colonial. Todos os atos que emanaram da metrópole revelam a dubiedade e hesitação  de quem vai às cegas por um caminho desconhecido. Concede vastos latifúndios a particulares, na vã esperança de que estes os povoem. Assegura aos donatários uns tantos privilégios e regalias que, em vez de produzirem os benefícios calculados, se tornam causa da imensa desordem que não tardou a atormentar quase todas as capitanias. Querendo convertê-las em colônias correcionais, abrindo-as ao furor de galés e de bandidos, não fez mais do que preparar uma situação que devia custar caro aos elementos mais equilibrados que vieram depois,  espontaneamente, para a colônia.

    O primeiro inconveniente que proveio dos erros cometidos foi o estado de conflito quase contínuo em que se puseram os colonos com os padres catequistas. Em regra, os padres amparavam os selvagens contra as violências e iniquidades que praticavam os aventureiros. Estes, abusando de sua força, tratavam os índios como simples animais, obrigando-os aos trabalhos mais rudes e castigando-os com rigor desumano, pela sua natural indolência. O direito de escravizar tinha sido assegurado apenas aos donatários no respectivo foral, estendendo-se em seguida, de forma abusiva, a todos os colonos. Logo depois, seguindo o exemplo da Espanha, e sob o pretexto de coibir a antropofagia, deu-se aos batedores de floresta o direito de escravizar os antropófagos.

    Como era de se esperar, esta medida trouxe como resultado, e por toda a parte, a ganância dos bandidos, que transformavam em antropófagos todos os índios que encontravam. Os missionários clamavam inutilmente e o zelo dos Jesuítas, muitas vezes, até agravava a sorte dos índios, criando contra estes miseráveis aversões e caprichos de maldade de que não se conhecem exemplos na história das conquistas. E o que é estranho, no meio dos horrores perpetrados contra os indígenas, é a fria indiferença das autoridades ante os incríveis excessos dos colonos, de sorte que nem as providências emanadas da metrópole, a instâncias dos padres, produziam efeitos: as ordens simplesmente não eram executadas. Os abusos contra os índios só começaram a ser atenuados, em algumas capitanias, quando se estabeleceu a importação de africanos.

    Não menos horrível foi, então o que se fez. Segundo alguns cronistas, desde os primeiros anos de colonização efetiva, começara-se a fazer a introdução de africanos como escravos. No entanto, só depois que o negro se mostrou mais forte e resistente que o índio, é que a colônia foi sendo inundada de africanos. A situação destes foi ainda mais dolorosa que a dos índios, exilados que foram da terra querida e reduzidos ao extremo da miséria moral. O índio, ao menos, era nativo e senhor da vastidão das florestas. A essa altura, foi fácil legalizar desafrontadamente a escravidão do africano, pois já não se temia mais a relutância dos padres. Nem por isso, entretanto o índio ficou totalmente livre da pressão dos forasteiros, muitos dos quais haviam vindo de presídios, como degredados, transportando-se para a América, tangidos pela maldade e pela cobiça. Surgiu desse panorama um grande número de lamentáveis sucessos na degradação de seres humanos, deixando o estigma que, por muito tempo, ia ficar no caráter da nacionalidade.

Segundo Governador Geral: D. Duarte da Costa

   Em 1553, D. Duarte da Costa sucede a Tomé de Sousa na governadoria e, durante sua administração, em muito se complicaram os negócios da colônia.  Entre os maiores embaraços, figuram os provenientes das questões nascidas da ação dos Jesuítas contra a geral licenciosidade e os desmandos dos colonos. No meio das colisões que se davam, a autoridade civil não soube conservar a precisa correção e imparcialidade. Duarte da Costa não tinha o espírito conciliador e, talvez, nem mesmo a prudência e discernimento de Tomé de Sousa e, pelo apoio nada político que deu ao desgoverno dos colonos, contribuiu para aumentar as dificuldades da sua acidentada administração. Para assegurar o bem da colônia, era aconselhável, naquele momento, que todos marchassem de acordo com a autoridade civil e eclesiástica.

    Com o segundo Governador, tinham vindo mais dezesseis Jesuítas, entre os quais, o depois célebre José de Anchieta [nesse momento com apenas 19 anos]. O padre Manoel da Nóbrega foi nomeado como provincial da Ordem no Brasil. Pela experiência que logo adquiriram no trato de questões locais, os Jesuítas preferiram ficar afastados o mais possível na ação do poder civil e dos núcleos de forasteiros e, como já haviam lançado em São Vicente os fundamentos da catequese, para ali fizeram convergir os seus esforços. Trataram agora de criar um colégio, escolhendo para isso uma paragem belíssima nos campos de Piratininga, não muito distante da povoação do mesmo nome, onde mandava João Ramalho. Este colégio recebeu o nome de São Paulo, por ter sido inaugurado em 25 de janeiro de 1554, data em que a Igreja comemora a conversão do Apóstolo das Gentes.

    O colégio de São Paulo prosperou admiravelmente. Pode-se dizer que o problema da catequese nunca esteve tão bem amparado, em parte alguma da América. Os selvagens afluíam espontaneamente para as imediações da vila em torno do estabelecimento que se formava. João Ramalho, de Piratininga, não via com bons olhos costruir-se ali aquele sólido baluarte de novo prestígio, que ia lhe custar a perda da preponderância naquela terra. Não demorou que se começassem a manifestar sintomas de antipatia entre os missionários e os colonos que obedeciam a Ramalho. Principalmente, os numerosos descendentes de João Ramalho e de seus companheiros, chamados mamelucos, mostravam-se avessos à influência que os padres iam ganhando sobre os naturais. Daí, os contínuos conflitos entre os índios conversos e os colonos, conflitos esses que deixaram por toda capitania o seu vestígio de prevenções e animosidades, que só muito mais tarde se desfizeram.

    A antipatia que separava os dois partidos, o dos padres e o de João Ramalho, converteu-se depressa em verdadeira discórdia: colonos e mamelucos chegaram a combinar um ataque ao colégio. Por seu lado, os padres contavam com os índios, principalmente com os recém-convertidos; estes prepararam enérgica resistência, obrigando os adversários a desistirem de seus intentos, salvando assim aquela garantia única de ordem, no meio do desregramento geral. Na contingência em que se viam, os padres pediram alguma providência contra semelhantes atentados, mas o Governador, longe de atendê-los, tomou partido dos colonos. D. Duarte da Costa [Governador Geral] chegou a por-se em conflito com o bispo, D. Pero Sardinha, e tanto o comprometeu que o prelado teve de partir para Lisboa, a fim de se defender perante o rei. Logo que saiu da Bahia, porém, houve um naufrágio, perto da foz do rio São Francisco e o bispo, com seus companheiros, foi massacrado por índios ferozes.

    Aliás, não era só em São Paulo que se davam lutas armadas entre indígenas e forasteiros: os mesmos espetáculos de desordens perturbavam a colonização em todos os pontos onde os portugueses iam se estabelecendo. Em Pernambuco, e mais ainda no Espírito Santo, os índios, insuflados por especuladores que infestavam todo o litoral, freqüentemente punham em perigo as povoações portuguesas. A própria capital do domínio [Salvador] não se julgava a salvo das investidas. Nos engenhos do Recôncavo, os colonos viviam em contínuos sobressaltos. Em grande parte, esses males eram devidos principalmente à política do Governador, propenso sempre a condescender com os colonos.

Franceses no Rio de Janeiro

   Em parte alguma da América do Sul, a hostilidade dos indígenas à invasão de europeus foi mais vigorosa e tenaz que nas costas do Brasil. Deve-se atribuir o fato a três causas: primeira, a índole belicosa das tribos que ocupavam a parte oriental do continente, sobretudo as do litoral; segunda, a prepotência dos colonos portugueses, que movia contra si a ira do gentio; terceira, a ação de dois inimigos poderosos, que o elemento português sempre teve no seu caminho; o Jesuíta e o intruso de outras nacionalidades, principalmente o francês. Desde os primeiros dias de colonização, as expedições portuguesas vinham encontrar, em vários pontos da costa,   especuladores franceses ocupados no tráfico de pau-brasil e de alguns outros produtos nativos, então de grande preço na Europa.

    Esses aventureiros eram muito mais hábeis que os da península: entravam no país apoiando-se, antes de tudo, na aliança com os indígenas. Isso lhes valia enormes vantagens, enquanto que criava embaraços ao atropelo e desmando dos portugueses. O grande proveito que os intrusos iam tirando de país tão rico, e o quase abandono a que, por tantos anos, ficaram excelentes paragens do litoral, sem contar a inépcia com que eram feitas as primeiras tentativas de colonização por parte dos portugueses, foram dando margem a pretensões mais audaciosas na França. A Reforma religiosa, naqueles tempos, ainda agitava toda a Europa e os partidos que disputavam o predomínio pela influência dos respectivos chefes, junto ao rei, punham-se em tremendos conflitos entre si.

    Em 1554, o almirante Gaspar de Coligny, que exercia grande ascendência sobre o rei francês Henrique 2º, e que se havia feito protestante calvinista, aproveitou os serviços de Nicolau de Villegaignon, que se oferecera para fundar uma colônia na América, a qual pudesse servir de refúgio aos calvinistas nos dias de desgraça. Este Villegaignon, por sua bravura,  já havia se distinguido como marinheiro; isso, porém, não explica como o nobre Coligny, sem motivos de peso, chegasse a confiar-lhe tão delicada missão, para cujo êxito seria preciso contar com a lealdade de quem devia desempenhá-la. Villegaignon parte para o Brasil com cerca de cem homens e, em princípios de novembro de 1555, ao cabo de uns quatro meses de viagem, chega à baía da Guanabara, onde pretendia fundar a capital de sua França Antártica.

    Os franceses exploraram toda a magnífica baía e logo puseram-se em relações com os indígenas que lhe ocupavam o vasto litoral. Numa ilhota elevada, que os índios chamavam Sirigipe e que hoje tem o nome de Villegaignon, construíram um forte a que deram o nome de Coligny. Havendo Villegaignon comunicado à França o sucesso que alcançara a expedição, não demorou que chegassem poderosos reforços de armas e gente. Guarnecido o forte, procuraram os franceses estabelecer-se tanto em outras ilhas, como por todo o litoral da baía, alargando para o interior o seu comércio com os índios. Apesar de toda a prudência e habilidade com que tratavam de conquistar a confiança dos nativos, tinham de sustentar lutas contra alguns chefes mais insubmissos.

    A intrusão dos franceses em diversos pontos da costa, e por fim seu audacioso ingresso e fixação na baía do Rio de Janeiro, completavam a deplorável situação criada para a colônia, principalmente pela desídia e pelos erros de Duarte da Costa. Nada podendo tentar contra os intrusos, o Governador limitou-se a pedir providências a Lisboa, enquanto aqui agravava o estado de coisas, fazendo concessões escandalosas a parentes e amigos. Para aumentar-lhe os embaraços, viu-se o Governador privado do auxílio nunca recusado de Caramuru, devido ao falecimento deste,  em fins de 1557. Sem mais o prestígio da legendária figura, teve de ver crescer a desordem em toda a capitania, tornando-se impossível o governo. Tal foi o desgosto, e até a revolta, dos próprios colonos, contra desastres das autoridades, impunemente cometidos, que o senado da Câmara chegou a representar contra o Governador, pedindo à rainha regente que, com urgência, livrasse a colônia de semelhante homem.

Terceiro Governador Geral: Mem de Sá

   As más notícias recebidas do Brasil alarmaram a corte de Lisboa, e o governo cuidou imediatamente de tomar as providências que a situação exigia. Primeiro que tudo, era preciso substituir D. Duarte da Costa por um homem prudente e enérgico, com capacidade especial para conjurar de pronto os males que perturbavam a vida da colônia. Esse homem foi Mem de Sá. Nomeado Governador, partiu ele para o Brasil, tomando conta do Governo, em meados de 1558. O novo Governador tratou primeiro de serenar os ânimos, corrigindo os abusos e reprimindo a desordem reinante entre os outros colonos. Ao contrário de seu antecessor, harmonizou as autoridades civis com os padres, cuja cooperação lhe era indispensável.

    Não foi sem muito trabalho que Mem de Sá se preparou para encarar o problema de mais gravidade naquele momento e de cuja solução viera especialmente incumbido: a expulsão dos franceses da baía do Rio. Os embaraços que surgiam de todos os lados e a que tinha de dar imediata atenção, não lhe deixavam tempo para empreendimento de tal ordem. Antes de tudo, era preciso aplacar o furor dos selvagens, por toda a parte insurgidos contra os conquistadores, e grandes esforços teve de empregar para os submeter. Logo no começo, Mem de Sá passou pelo desgosto de perder o filho, Fernando de Sá, jovem nobre e valente, que partira contra os Goitacás da capitania do Espírito Santo, levantados contra os portugueses. Só no cabo de muitas lutas em diversos pontos, durante quase dois anos, as vitórias dos colonos obrigaram os índios a fazer a paz   

    O Governador pôde, então, empreender o ataque aos intrusos do Rio de Janeiro. O próprio Mem de Sá, de combinação com os padres de São Vicente, achou-se na baía da Guanabara, em princípios de 1560 e, após uma intimidação a que não cederam os usurpadores, investiu contra o forte Coligny, obrigando a maior parte dos franceses a fugir para o continente, ao fim de dois dias e duas noites de combate. Persuadido de que os intrusos estavam completamente impossibilitados de se restabelecer ali, Mem de Sá cometeu o grande erro de não aproveitar aquele ensejo que a vitória lhe dava, para fundar no litoral da Guanabara a povoação, que só sete anos mais tarde veio a se inaugurar. Depois, atendendo a solicitações dos padres Manuel da Nóbrega e José de Anchieta, que tanto haviam ajudado a desbaratar os franceses, o Governador foi a São Vicente, visitando o colégio de São Paulo, para cujas imediações conseguiu que se mudasse a maior parte dos colonos da Borda do Campo.

    Aproveitando o pouco de calma que lhe deixavam os intrusos e os índios, Mem de Sá cuidou de expedir caravanas de exploradores para o interior e, de retorno, em seguida, à capital, chegou a Vitória do Espírito Santo, onde regularizou os negócios da capitania. Mem de Sá, aproveitando todo o tempo que lhe sobrava das preocupações em que o traziam as hostilidades dos nativos, fomentava o trabalho agrícola, a exploração do país e o estabelecimento de aldeias, dando apoio e proteção aos padres missionários, cuja obra teve naqueles tempos o seu mais vivo esplendor. Induzido pelas notícias que lhe vinham continuamente, o Governador fazia também bater os sertões por bandos de aventureiros a procura de ouro, adiantando, com isso, o problema do desbravamento da terra. Todavia, um grande número de tribos muito belicosas, os Aimorés, recusando acordo com os colonos, tinha preferido refluir para as montanhas que ficam entre a Bahia e o Espírito Santo para ali continuar, insubmissos e refratários, o seu protesto contra a invasão. Por fim, ou porque lhes escasseassem ali os meios de subsistência, ou cedendo a seus instintos guerreiros, desceram das montanhas e travaram luta com os colonos. Bateu-os Mem de Sá, e rechaçou-os para o noroeste, onde se espalharam pelas grandes florestas do rio São Francisco e do rio Tocantins.

Confederação dos Tamoios

   Não há dúvida de que Mem de Sá, quando se limitara a desalojar os franceses do forte Coligny, estava mal apercebido das consequências de seu ato. A ter de render-se incondicionalmente, os intrusos preferiram seguir a mesma trilha de seus aliados, os indígenas. Metendo-se com estes pelos sertões, pregaram por toda a parte uma espécie de guerra santa contra os portugueses, promovendo habilmente o ódio contra os homens de São Vicente, dos quais os selvagens já tinham recebido algumas lições de castigo. Centenas de chefes tamoios se levantaram contra aqueles estrangeiros, que consideravam como espoliadores e desumanos e, instigados e dirigidos pelos franceses, prepararam contra a colônia portuguesa uma das mais temerosas refregas a que teve ela de resistir.

   Opondo-se à influência dos franceses sobre o espírito dos maiorais tamoios, havia entretanto o congraçamento dos padres de São Paulo com a gente de Ramalho e Tibiriçá (mamelucos). Conseguiu Ramalho manter a fidelidade de seu sogro e dos chefes que lhe rendiam obediência e confiou a Tibiriçá a defesa do colégio e povoação de São Paulo. Um sobrinho do chefe tamoio, chamado Jaguanhara, tornou-se porém o terror dos portugueses. Inflamado por um ódio feroz, assumiu o comando de muitas legiões e arremeteu desabridamente contra aqueles que detestava e que considerava como os maiores inimigos de sua raça. Nas capitanias do Espírito Santo, de São Tomé e de São Vicente, lavrava tremenda a insurreição.

    Logo de começo, foi atacado o colégio de São Paulo, porém, os índios invasores foram repelidos pelos colonos ali concentrados. Já em Vitória do Espírito Santo, a guerra foi terrível e custou a vida a muitos colonos. Em toda parte, as povoações e as fazendas eram assaltadas. Os selvagens, num atropelo de fúrias, andavam em multidões. a farejar portugueses e mamelucos, deixando, por onde passavam, a devastação e o incêndio. Na vila de São Vicente, a luta foi horrível. Cerca de dois mil guerreiros, em trezentas canoas, assaltaram a povoação, obrigando os moradores a fugir, com grande pavor. A situação tornava-se insustentável para os portugueses, pois os seus elementos de resistência iam escasseando.

    Por fim, numa aliança geral, que ficou conhecida como a Confederação dos Tamoios, os inimigos planejam um ataque decisivo a São Paulo. Os chefes, reunidos, tomam a deliberação de destruir completamente a colônia, com a intenção de exterminar os habitantes e forçá-los a sair do país. Em conjuntura tão aflitiva, o zelo dos Jesuítas pôde mais que os recursos insignificantes de que dispunham os colonos para enfrentar o levante geral. Nóbrega e Anchieta resolveram tentar a salvação da colônia, dirigindo-se afoitamente a Iperoig [Ubatuba], onde os chefes indígenas inimigos se encontravam prontos para o planejado ataque às colônias portuguesas, colocando em risco sua própria ascendência sobre os índios amigos, caso esta tentativa de paz se frustrasse.

    A muito custo, a piedade dos Jesuítas conseguiu aplacar a cólera dos Bárbaros, alcançando uma suspensão de armas, mediante condições que deviam ser aceitas pelos portugueses. Enquanto o padre Nóbrega levava a São Paulo o acordo de paz, José de Anchieta ficava refém, como garantia de lealdade dos mediadores [veja Reféns em Iperoig]. Diz a lenda que foi, por esse tempo, que o Apóstolo do Novo Mundo concebeu o seu poema à Virgem, escrevendo os primeiros versos nas areias da praia e em cascas de árvores. Nóbrega, em alguns dias, estava de volta, celebrando-se, então, a paz. Pelo tratado, os índios obrigaram-se a se retirar para os sertões ao oeste, enquanto os portugueses assumiram o compromisso de não mais lhes perturbar o sossego. Nem é preciso dizer que esse acordo não foi cumprido, pois continuaram as lutas freqüentes e temerosas com os indígenas, cujo espírito de independência, todavia, ia, aos poucos, amortecendo.

Expulsão dos franceses

   O que Mem de Sá teria evitado em 1560, se tivesse fundado uma colônia na baía do Rio de Janeiro, acabou acontecendo, como era de se esperar. Poderosamente auxiliados pelos tamoios, os franceses voltaram do interior e reocuparam Coligny, não só reconstruindo o antigo forte como ainda construindo outros no litoral. O Governador logo teve notícia disso e fez Lisboa sentir a necessidade de cuidar seriamente dos negócios do sul, onde os maiores embaraços decorriam do afastamento das colônias em relação à sede do governo. Foi essa circunstância que determinou, logo depois, a divisão do Brasil em dois governos. Enquanto esperava da metrópole os reforços solicitados, Mem de Sá ia reunindo gente nas diversas capitanias, preparando uma expedição capaz de expulsar os franceses, de uma vez para sempre.

    Em fins de 1564, Estácio de Sá, sobrinho do Governador, chegou da Europa com alguns navios e gente de guerra, seguindo sem demora para São Vicente, onde contava com o concurso dos padres e dos colonos. No início de 1565, desembarcou junto à barra do Rio de Janeiro, no lugar que passou a chamar-se Praia Vermelha, e ali perto, no pequeno istmo que liga o Pão de Açúcar à colina onde hoje está a fortaleza de São João, estabeleceu-se, fundando logo a cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro. Estácio de Sá sentiu de pronto que as suas forças não eram suficientes para oferecer ao inimigo uma ação decisiva e mal conseguiu ir se mantendo na posição ocupada, aguardando que o Governador viesse socorrê-lo. Essa situação durou cerca de dois anos, até que o próprio Mem de Sá deliberou partir para o Rio de Janeiro, onde chegou, em princípios de 1567,  trazendo novos reforços.

    Combinou-se, então, uma investida formal às fortificações dos intrusos. Enquanto o forte Coligni era atacado por mar, Estácio de Sá reforçava o ataque por terra, da localização mais próxima ocupada pelos portugueses. Os inimigos foram logo desalojados dos dois postos, retirando-se, a maior parte deles, para a ilha hoje conhecida como ilha do Governador. Ali, a vitória dos portugueses foi completa e os vencidos tiveram de abandonar definitivamente as deliciosas paragens onde tinham vivido por um período de doze anos. Durante o combate, o nobre Estácio de Sá foi ferido em um dos braços, com uma seta envenenada e, em conseqüência dos ferimentos recebidos, veio a falecer. Foi devido ao seu heróico valor que se deveu, em grande parte, a vitória.

    O Governador tratou, então, de remover a cidade para um ponto mais afastado da barra, onde houvesse espaço para o desenvolvimento de uma grande povoação. Escolheu-se, então uma colina, que se chamou Castelo, para o alto da qual foi transferido tudo o que havia junto ao Pão de Açúcar.  Mem de Sá inaugurou o novo local com toda a pompa do cerimonial, como se estivesse criando uma nova cidade. Enquanto se levantavam as fortificações, os padres começavam a construir a igreja e o colégio, cujas ruínas ainda se vem [em 1915] junto ao morro. Dali, o povoado foi-se estendendo para as imediações, principalmente para o outro lado da baía, e na direção de outra colina não distante, a que se deu depois o nome de São Bento. Foi nomeado governador da cidade, Salvador Correia de Sá,  um outro sobrinho do Governador Geral.

    A figura deste Salvador Correia, que por mais de uma vez governou a cidade, tornou-se legendária, mesmo entre os índios, com os quais teve uma política bem diferente da que costumavam praticar os portugueses. O próprio Mem de Sá, antes de retirar-se para a Bahia, procurou, também, inspirar confiança aos selvagens, fazendo-lhes concessões valiosas, principalmente aos chefes que o haviam ajudado contra os franceses. Entre os chefes, muito se distinguira o valente Araribóia, a quem o Governador Geral fez doação de uma sesmaria [terra devoluta em estado bruto] na parte do litoral fronteira à cidade. Mem de Sá administrou a colônia cerca de quatorze anos e não chegou a voltar a Portugal, falecendo aqui mesmo, em 2 de março de 1572 depois de haver prestado os mais relevantes serviços à sua pátria.

O Brasil dividido em dois governos

   Logo que expulsou definitivamente os franceses e pôs em ordem os negócios da colônia, Mem de Sá pediu dispensa da comissão que, tão a contento da metrópole, desempenhava na América. O governo português, entretanto, insistiu em reclamar os serviços do hábil administrador e só lhe concedeu a demissão quando não mais pôde recusá-la. Todavia, D. Luís de Vasconcelos, o Governador nomeado em 1570 para substituí-lo, fazendo viagem ao Brasil, foi vítima dos corsários franceses Soria e Capdeville, sendo atingido com quase todos da expedição, inclusive 40 dos 68 padres que o acompanhavam. Mem de Sá teve, pois, de continuar o governo da colônia até que veio a sucedê-lo D. Luís de Brito.

    O novo Governador chegou à Bahia em 13 de maio de 1572, dois meses depois do falecimento de Mem de Sá. Nesse mesmo ano, porém, o Governo português decidiu dividir o Brasil em duas grandes províncias administrativas, permanecendo a sede do norte na cidade de Salvador; e a do sul teve por sede a cidade do Rio de Janeiro. Ficou Luís de Brito na seção do norte e para a do sul foi escolhido o Dr. Antônio Salema, então ouvidor em Pernambuco. Em princípios de 1573, o Dr. Salema se achava na Bahia e ali, em conselho com o provincial dos Jesuítas e com as primeiras autoridades civis, celebraram os dois governadores um acordo no sentido de regular o bom andamento das coisas da colônia, em conformidade com as instruções recebidas de Lisboa.

    Em seguida, em fins de 1573, o Dr. Salema partiu para o Rio de Janeiro. A sua preocupação, assim que assumiu o governo, foi livrar a província do sul do grande perigo em que, de novo, se encontrava, devido à atitude dos Tamoios. A paz, celebrada há alguns anos, nada garantia. Muitos franceses continuaram a viver entre os selvagens e, mantendo relações freqüentes com os corsários que fustigavam as costas, nutriam no ânimo dos índios uma profunda aversão aos portugueses. Deliberado a castigar o gentio, Salema expede para o interior cerca de mil homens bem armados, sob o comando de Cristóvão de Barros. Esta formidável bandeira conseguiu bater os índios em muitos e sanguinolentos combates, e voltou trazendo como prisioneiros cerca de dez mil infelizes, os quais foram escravizados, pois já era reconhecido aos Governadores esse direito de escravizar em toda a guerra lícita. Derrotadas, as tribos dizimadas fizeram, então, o seu grande êxodo para o norte.

    Livre de correrias dos selvagens, o Dr. Salema pôde ocupar-se dos negócios da colônia. Não consta, entretanto, que este administrador tenha revelado as suas aptidões em serviços dignos de nota. Por sua vez, na província do norte,  D. Luís de Brito ia alargando sempre o círculo de explorações no sertão e retirando do domínio do selvagem grande parte da costa. Varreu, depois, todo o litoral até Pernambuco e dali, tendo-se reforçado de gente e de navios, foi até a Paraíba, onde haviam sido já mal sucedidas algumas expedições.

    Não foi mais feliz, agora, o próprio Governador. Tempestades o forçaram a arribar em Pernambuco, de onde retrocedeu para a Bahia, solícito por atender a reclamos urgentes da ordem, ameaçada em vários pontos por africanos fugidos das fazendas. Foi contra eles expedida uma companhia, composta quase só de índios, a qual os desbaratou. D. Luís de Brito deu provas de capacidade política e tino administrativo. O que caracterizou o seu governo foi a energia e firmeza com que soube sempre impor a sua autoridade, sem cometer excessos, antes usando de prudência e inspirando confiança no seu espírito de justiça, mesmo entre os índios, cuja fúria belicosa tantas vezes foi obrigado a reprimir e castigar severamente.

De novo um só Governo Geral

   A experiência de poucos anos foi suficiente para convencer a corte de Lisboa de que, para manter a ordem e a boa administração da colônia, de modo algum convinha a divisão que fizera e, em 1577, de novo se criou um só Governo Geral, sendo investido desse cargo o benemérito Luís de Brito. Este, porém, já se sentia fatigado de quase cinco anos de trabalho na América e, logo depois, retirou-se para a metrópole. Para sucedê-lo, foi nomeado Diogo Lourenço da Veiga, que tomou posse do governo a 1º de janeiro de 1578. Apesar de idoso e fraco de saúde, o novo Governador desenvolveu grande atividade, cuidando principalmente das questões mais graves que, no momento, se impunham à atenção do poder público.

    Mereceu preferência de Lourenço da Veiga a obra de conquista e povoamento, sobretudo no litoral, por onde continuavam, obstinadas no seu intento, quadrilhas de traficantes, com veleidades de se fixarem em certos pontos. Logo no ano seguinte ao de sua posse, começou, resolutamente, a reprimir o contrabando que se fazia em larga escala nas enseadas do Cabo Frio, tendo de lançar mão da medida extrema de confiscar os entrepostos ou, em último caso, incendiá-los. Esta luta com os especuladores, principalmente franceses e flamengos [holandeses], prolongou-se por muitos anos e custou muito esforço à administração da colônia.

    O insucesso da expedição de Luís de Brito, em 1576, não tinha feito esquecer a necessidade de colonizar a Paraíba, cujas costas, até o Maranhão, eram mais freqüentadas por aqueles temíveis concorrentes. No princípio de sua administração, preocupado com as coisas do sul, Lourenço da Veiga não pôde tomar providências diretas contra a pirataria. Teve. no entanto, oportunidade de amparar o audacioso intento de Frutuoso Barbosa, fazendo a este grandes concessões e assegurando-lhe, com o governo da Paraíba, privilégios excepcionais, entre outros, o de arrecadar direitos para si durante dez anos.

    Não obstante, Frutuoso Barbosa não teve melhor sucesso que Luís de Brito: sua expedição também foi batida pelas tempestades e ele teve de regressar a Pernambuco sem nada ter conseguido. Mais tarde, Barbosa formou novo projeto, associando-se a Simão Rodrigues Cardoso. Desta vez, a expedição chegou ao Rio Paraíba, em cuja margem direita se instalaram, depois de expulsar os franceses que por ali encontrou, incendiando algumas das naus. Teve, ainda, de repelir ataques dos selvagens sobre os quais ia se impondo com tenaz energia. Porém, a morte de um filho, vítima da traição dos índios, abalou-o de tal modo que ele desistiu da empresa, retirando-se para Pernambuco.

    Durante o governo de Lourenço da Veiga, adiantou-se muito a exploração do interior da Bahia. João Coelho de Souza subira o rio São Francisco até as vizinhanças do sertão, onde mais tarde fundou o povoado de Quebrobó. Foi ainda no tempo deste Governador que, de diversos pontos do sertão, chegaram à capital notícias de descobertas de ouro e de pedras preciosas. Antônio Dias Adorno, um português que se havia distinguido pela sua audácia e tenacidade como explorador, tinha sido feliz numa grande expedição, que levara até os confins de Minas Gerais, e voltara à Bahia para pedir ao Governador recursos com que pudesse levar avante a exploração dos tesouros que dizia haver encontrado. Tarde demais. Lourenço da Veiga falecera algum tempo depois, sem ter podido fazer alguma coisa.

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